I controlli microbiologici effettuati sugli alimenti e sulle acque sono strumenti fondamentali per monitorarne la qualità igienico sanitaria. Dal 2007 a tutt'oggi sono stati ricercati i principali parametri microbiologici responsabili di tossinfezioni alimentari e alcuni dei microrganismi indicatori di contaminazione degli impianti idrici, nonché agenti etiologici di gravi patologie come la legionellosi.